No creo que te valga la pena, mejor comprate directamente un 306 GTI de 2ª mano que vaya bien... no es un coche caro.
Piensa que encontrar un siniestro con el motor bien no es fácil...
De todos modos no entiendo para que quieres el siniestro entero, a ti te interesa solo el motor (puedes comprar solo el motor por unos 800€), el eje trasero no es necesario si lo haces por los frenos de disco, los de tambor frenan igual que los de disco, solo que si por ejemplo haces varias frenadas bruscas con los de tambor, a la 3ª frenada, ya casi no frenan, y los de disco si, pero mientras tengas discos de freno delante no hay problema, los de atrás aún siendo discos de freno apenas frenan.
La caja de cambios, si la del tuyo le sirve al motor del GTI (supongo que si), yo se la dejaba, tendrás más aceleración, ya que la relación de marchas es diferente y te beneficia en la aceleración.
También necesitas la ECU, o ponerle una personalizable de Greddy o similar...
En cualquier taller por hacer un poner un motor, cobran unos 700-900 Euros, a eso le sumas unos 800€ del motor, y unos 50€ de la ECU, y luego mano de obra en los miles de problemas que surgirán, en total ponle unos 3000 Euros...
Ahora echa números, te vale la pena, tener un 306 normal con un motor usado del GTI por 3000 Euros más?